全ゲノムシーケンスサービス（微生物、植物、昆虫等）

ナノポアシーケンサーGridiONとイルミナシーケンサーMiSeq、この二つの利点を最大限に利用し、微生物種のゲノムシーケンスサービスを提供しています。解析にあたっては、経験豊富な専門のバイオインフォティシャンと連携しますので、安心してご依頼ください。ご不明な点、ご不安な点などありましたらお気軽にお尋ねください。

バクテリア全ゲノムシーケンスについて詳しくはこちらへ　

　　　　超高精度なコンプリートゲノムを提供しています。

これまでにコンプリートした細菌種

　　大腸菌、ピロリ菌(H. pylori)、黄色ブドウ球菌（S. aureus)、レンサ球菌（Streptococcus属細菌）、ビブリオ属細菌、アクチノマイセス属、ロシア属、Enterococcus属細菌など

解析メニュー

de novo シーケンス（新規ゲノム）＝ナノポア＋MiSeq

　新規ゲノムをシーケンスする解析です。リピート配列に強いロングリード（ナノポア）でゲノムの構造を決定し、精度の高いショートリード（イルミナMiSeq)のシーケンスデータを用いて、ゲノム配列の決定を行います。

リシーケンシング（変異の検出）＝ MiSeq or ナノポア

　既存のリファレンスゲノムに対して、シーケンスデータをマッピングすることで、SNPsなどの変異を検出する方法です。精度の高いイルミナシーケンサーMiSeqを使って、精度の高いSNPsの検出が可能です。構造の変異などが知りたい場合は、ナノポアシーケンサーの方が有利な場合がありますので、目的に応じて最適な手法をご提案いたします。

受け入れ可能な生物種

細菌

古細菌

単離作業済みのサンプルを推奨します。
単離されたものでも、見えない菌が共存していることがあります。
わずかなコンタミネーションであれば、当センターの解析パイプラインで除去が可能ですが、他の菌株のDNAが多量に存在しているとアセンブルがうまくいかない可能性があります。
真菌などゲノムサイズの大きな微生物のコンタミネーションには特にご注意ください！

以下のものはご相談ください

DNAライブラリーの調整やインフォマティクスの難しさが予想されますが、よりゲノムサイズの大きな生物種でも、ロングリードを使うことで連続性が大幅に改善されたアッセンブルが可能です（ご相談ください）

・真菌

・ウイルス

・植物

・真核藻類

・動物の細胞

・昆虫

・その他、お気軽にご相談ください。

E.coliのリアルデータを使ってのアセンブリ結果(解析例）

公共レポジトリのデータ（SRR8182926: illumina 30x +　ナノポアONT 20x ）を使い、de novoアッセンブルを行った。

In silicoツールのみでcolsedの環状ゲノムがアセンブリされた。（下図）

デモデータ

実際の解析例

ゲノムDNAの抽出。40kbp以上のゲノムDNAを抽出しました。丁寧にライブラリーを調整し、100Kbpを超えるロングリードの取得ができました。

ナノポアのデータだけで、染色体とプラスミドが環状につながりました。

イルミナでもシーケンスを行い、ナノポアのリードとハイブリッドアッセンブルを行い、精度の高いゲノムを決定しました。

アッセンブルしたゲノムにシーケンスのリードをマッピングし、ミスアッセンブルの有無やカバレッジについて調べました。

ゲノムシーケンス作業内容（de novoシーケンス）

※オートアノテーションは標準サービスで実施します。

納品データ

シーケンスの生データ.fastq（MiSeq＋ナノポアGridION)

ゲノム配列データ.fasta

遺伝子予測データ（オートアノテーション）

作業内容報告書、ライブラリーQCの結果等

各種レポート

ゲノムシーケンス解析の費用

新規ゲノムシーケンスの解析費用＝細菌＝

ナノポア＋MiSeqの解析です。（他の生物種の場合はご相談ください）
解析の費用はあくまでも目安です。生物種が変わるとそのゲノムサイズによって必要なデータ量が変わります。
また作業内容、納期などから決定します。ご相談ください。

　（ゲノムDNAのQC~MiSeq＋ナノポアシーケンス～ハイブリッドアッセンブル～オートアノテーションまで）

リシーケンスの解析費用＝細菌のSNPs検出＝

MiSeq・NovaSeq・DNBSEQでシーケンスし、SNPｓの検出までを行った場合です。（他の生物種の場合はご相談ください）
解析の費用はあくまでも目安です。生物種が変わるとそのゲノムサイズによって必要なデータ量が変わります。
また作業内容、納期などから決定します。ご相談ください。

解析オプション

高分子ゲノムDNAの抽出(2-3万円）･･･推奨します

　　　抽出する細菌種、生物種に最適な方法でDNAを抽出します。40Kbp-100kbの高分子ゲノムDNAを抽出し、ナノポアでのロングリードシーケンスを目指します。

・自信がない方はできるだけDNAの抽出からのご依頼をご検討ください。解析終了後にすべて破棄します。

・感染性のある病原菌や遺伝子組み換え生物の場合はお受けできません。また知財の関係等で持ち出しが困難な場合は、必要がござましたら研究室まで抽出にお伺いし、そのままgDNAを持って帰ることもできますのでご相談ください。

ナノポアのロングリードシーケンスにおいてはゲノムDNAが長く、そして断片化されていないことが重要です。
断片化されているDNAの場合、ロングリードシーケンスの意味を十分に発揮できず、アッセンブルが困難になる場合があります。抽出済みゲノムDNAからのご依頼の場合、シーケンス前にQCを実施しますので、条件に満たない場合は再提出をお願いいたします。
再提出が困難な場合は了承の元にナノポアでのシーケンスを行いますが、その結果、アッセンブルが困難で再シーケンス等の追加の作業が必要になった場合はシーケンス等の費用をご負担いただきますのでご了承ください。

遺伝子予測解析など追加の解析

　　　オートアノテーション（標準解析に含まれます。）

　　　マニュアルアノテーション（10万円）

　　　その他、ゲノム比較解析（お問い合わせください）

　　　必要な作業がありましたらお気軽にご相談ください。

データベースへの登録作業