バクテリア全ゲノムシーケンス(ハイブリッドアセンブル）
ナノポアシーケンサーGridiONとショートリードシーケンサー（MiSeqまたはDNBSEQ）、この二つの利点を最大限に利用し、新規バクテリアの超高精度なコンプリートゲノムを決定します。これまでに250株以上の株を高精度に決定してきました。
そのまま論文にも投稿できる品質で、バクテリアのゲノム研究を協力にサポートします。
解析にあたっては、経験豊富な専門のバイオインフォティシャンと連携しますので、安心してご依頼ください。ご不明な点、ご不安な点などありましたらお気軽にお尋ねください。
これまでにコンプリートした細菌種
大腸菌、ピロリ菌(H. pylori)、黄色ブドウ球菌（S. aureus)、レンサ球菌（Streptococcus属細菌）、ビブリオ属細菌、アクチノマイセス属、ロシア属、Enterococcus属細菌などなど 約120株のゲノムをコンプリートさせました。他でコンプリートできなかった株もご相談ください。
本サービスのメリット
超高精度なコンプリートゲノムでそのまま論文報告可能です。
薬剤耐性遺伝子アイランド、薬剤耐性プラスミドを網羅的に配列を決定できます。
国内でのシーケンス・解析作業。報告書やサポートももちろん日本語ですので安心してお任せください。
追加の解析や解析結果の疑問点にも最後まで責任もって対応しています。
ドラフトゲノムのシーケンスと変わらない費用で、コンプリートまで実施します。（通常の納期なら15万円）
これまでのご依頼された株では96%以上の株(300株中）をコンプリートさせています。
日本トップクラスのゲノム品質で、リピートのご依頼が増えております。
ロングリードの併用でコンプリートゲノム
従来のショートリードだけでは無数のコンティグになっていました。ロングリードを併用したハイブリッドアセンブルで、一本の環状ゲノムに繋ぐことが可能です。
手作業で丁寧なエラー修正で超高精度なゲノム品質
ハイブリッドアセンブルの実施により、PacBioのようなロングリードだけのアセンブルに比べてエラーは減少します。
しかし、それでもエラーが残ってしまいます。本サービスではアセンブルされたゲノム配列に得られたリードをマッピングし、目視でエラーを検出し、一つ一つ確認しながらエラーを修正しています。そのため、エラー率0.0001%以下の超高精度なゲノムを提供しています。
そのまま論文投稿可能な品質です。
ゲノム配列の精度が高いと、より確実な細菌ゲノム研究が可能になります！
ＲＮＡシーケンスの高精度リファレンスゲノムになります。
ＯＲＦ予測、ＳＮＰ検出の精度が向上します。
ゲノム同士の比較によるゲノム組み換え検出ができます。
完全なコンプリートゲノムとして論文投稿が可能です
E.coliのリアルデータを使ってのアセンブリ結果(解析例）
公共レポジトリのデータ（SRR8182926: illumina 30x + ナノポアONT 20x ）を使い、de novoアッセンブルを行った。
In silicoツールのみでcolsedの環状ゲノムがアセンブリされた。（下図）
ゲノムシーケンス作業内容（de novoシーケンス）
納品データ
シーケンスの生データ.fastq（MiSeq またはDNBSEQ＋ナノポアGridION)
ゲノム配列データ.fasta （エラー修正過程で生じた配列もお返しします）
遺伝子予測データ（オートアノテーション）
作業内容報告書、ライブラリーQCの結果等
各種レポート （日本語で丁寧な作業報告書を作成しています）
納期と費用（バクテリア全ゲノム）
（ゲノムDNAのQC~ショートリードシーケンス＋ナノポアシーケンス～ハイブリッドアッセンブルまで）
ドラフトゲノムを決定するのと同程度の費用で、高精度のコンプリートゲノムを取得します。
解析費用
特に急がない場合（納期3-4か月程度）
20万円＋税 (申し訳ございませんが、円安の影響で7月1日より改定しております）
Streotomycesなど特に難しいもの 25万円＋税
※御依頼が増えており、納期がかかっております。特にDNA抽出から御依頼の場合は、長めにかかります。
お急ぎの場合（DNAのQCパス後、納期１ヶ月以内程度）
30万円＋税 (申し訳ございませんが、円安の影響で7月1日より改定しております）
Streotomycesなど特に難しいもの 40万円＋税コンプリートに向けて全力を尽くしますが、ショートリード、ロングリードおよびアセンブルをそれぞれ2回まで実施します。
必要に応じてサンガー法で修正を行います。
それでもコンプリートできなかったものは、アセンブルできた範囲のものを納品いたします。
※万が一、コンプリートできなくてもシーケンス費用・アセンブル費用が発生します。
※年度末等の混雑時にはお断りする可能性があります。
コンプリート保証プラン（納期3-4ヶ月程度~半年くらい）
40万円＋税 (申し訳ございませんが、円安の影響で7月1日より改定しております）
コンプリートに向けて、何度もシーケンスを行います。
できる限りのことを行っても万が一、コンプリートできなかった場合は、費用は発生いたしません。
（シーケンスリードのみ必要な場合は、10万円で提供いたします）
解析オプション
高分子ゲノムDNAの抽出(3万円）
グラム陽性菌：3万円＋税
グラム陰性菌：3万円＋税
抽出する細菌種、生物種に最適な方法でDNAを抽出します。20Kbp-100kbの高分子ゲノムDNAを抽出し、ナノポアでのロングリードシーケンスを目指します。
・自信がない方はできるだけDNAの抽出からのご依頼をご検討ください。解析終了後に残余検体（DNA・および菌体）はすべて滅菌の後、破棄します。秘密保持契約等必要でしたらご相談ください。
・感染性のある病原菌や遺伝子組み換え生物の場合はお受けできません。また知財の関係等で持ち出しが困難な場合は、必要がござましたら研究室まで抽出にお伺いし、そのままgDNAを持って帰ることもできますのでご相談ください。
ナノポアのロングリードシーケンスにおいてはゲノムDNAが長く、断片化されていないことが重要です。
断片化されているDNAの場合、ロングリードシーケンスの意味を十分に発揮できず、アッセンブルが困難になる場合があります。抽出済みゲノムDNAからのご依頼の場合、シーケンス前にQCを実施しますので、条件に満たない場合は再提出をお願いいたします。
再提出が困難な場合は了承の元にナノポアでのシーケンスを行いますが、その結果、アッセンブルが困難で再シーケンス等の追加の作業が必要になった場合はシーケンス等の費用をご負担いただきますのでご了承ください。
遺伝子予測解析など追加の解析
オートアノテーション（3万円）
マニュアルアノテーション（10万円）
その他、ゲノム比較解析（お問い合わせください）
必要な作業がありましたらお気軽にご相談ください。
インフォマティクスを実施せず、生シーケンスデータ(fastq)のみの納品も可能です。
シーケンスのみ。MiSeq・DNBSEのみ、ナノポアのみのシーケンスもお気軽に。
インフォマティクスのみも可能です。（5万円～作業内容による）
シーケンスデータをご提供ください。（ナノポアのみ、MiSeqのみのシーケンスも可能です）
他社でシーケンスしたイルミナの生データ、ご自身でシーケンスしたナノポアの生データも、再度活用できる可能性があります。データが再利用できるかは無料で診断します。お気軽にお問い合わせください。
リシーケンシング（変異の検出）＝ MiSeq ・DNBSEQ・ ナノポア
既存のリファレンスゲノムに対して、シーケンスデータをマッピングすることで、SNPsなどの変異を検出する方法です。精度の高いイルミナシーケンサーDNBSEQを使って、精度の高いSNPsの検出が可能です。DNBSEQ・NovaSeqなら細菌1株1-2万円＋税
構造の変異などが知りたい場合は、ナノポアシーケンサーの方が有利な場合がありますので、目的に応じて最適な手法をご提案いたします。１～100株単位でのリシーケンスが可能です。解析費用はご相談ください。（解析検体数、検出してみたいものなど研究内容によります）
