RNA-seqの受託解析
RNAシーケンス(遺伝子発現解析)が初めての方でもご安心ください。親切・丁寧に、データ解析まで責任もって対応します。お気軽にご相談ください。
・DNBSEQ（旧称MGIseq)はMGI社が開発した新しい次世代シーケンサーです。
・低コストで大容量のシーケンスが可能です。
・安心の国内でのシーケンスです。短い納期で対応できます。
De novo RNA-seq（de novo transcriptome解析）もお任せください。
実績が豊富なイルミナシーケンサーNovaSeqでの解析も実施できます。
解析センターのRNAシークエンスサービスの特徴
total RNAを受け入れて、ライブラリー調整とシーケンスを実施し、Fastqを納品いたします。
必要に応じてデータ解析も実施します。経験豊富なインフォマティシャンが対応します。
RNAシーケンスが始めての方もお気軽にご相談ください。対象生物、研究目的あったプランをご提案します。
解析センター内でライブラリー調整、シーケンス、データ解析まで全ての工程を責任もって対応します。
データ解析は経験豊富なインフォマティシャンが対応します。安心してご依頼ください。
他のバイオ系受託会社さん・バイオベンチャーさんにもシーケンスデータを低価格で提供します。
RNAseqに関するお見積もり依頼はRNAseq用フォームをご利用下さい。
解析内容
受け入れサンプル
植物、昆虫、真菌、細菌、マウス等のRNA ※ヒトのサンプルの場合は、倫理委員会の承認を得たうえで、匿名化してください。
30ng/u(rRNA除去の場合は50ng/ul)lの濃度で1ugをご用意ください。 (最低量 500ng）
RNAの分解がないこと・DNAのコンタミがないこと
RIN値 7以上を推奨 （データ解析をご依頼いただける場合は、RIN値8以上を推奨します）上記に満たない場合はご相談ください。
※RNAの抽出も実施できます。
RNAの分解が進んでいるサンプルについて
RNAの分解が進んでいる場合、PolyAによるmRNA精製にバイアスがかかる可能性があります。
rRNAの除去を行い、リード数を２倍程度に増やすことで対応可能です。(条件付での実施になります）
しかし、できれば分解が無いサンプルを用いることが望ましいです。サンプルの保存状態等をご確認下さい。
納品物
作業報告書
生のシーケンスデータ（Fastqファイル）
データ解析結果（実施時のみ）
作業内容と費用
1．RNAの品質確認・定量を行います。
2．ライブラリー調整を行います。(mRNAの精製・ランダムプライマーによる逆転写・Directionalのライブラリー調整)
3．DNBSEQ･NovaSeq6000で次世代シークエンスを行います。(150bpx2で、必要量取得）
4．Fastqファイルをお返しします。データ解析が必要な場合はご相談ください。参考価格
PolyA精製、Directionalのライブラリー調整
DNBSEQ PE150 5Gbp（1700万リードペア）以上
Fastq納品（納期2-3ヶ月）
１サンプル 2.5万円（税込み2万7500円）
ライブラリー調整はMGI社純正キットを使用
NovaSeq6000 PE150 約5Gbp（1700万リードペア）以上
Fastq納品（納期2-3ヶ月）
１サンプル 2.6万円（税込み2万7500円）
ライブラリー調整はイルミナ社純正キットを使用
※1検体からでもOKですが、あいのりの都合で少しお待ちいただく可能性があります。
お急ぎの場合は少し高くなります。最短2週間から納品しています。
※Valueプランはあまりサンプル条件について守ってくれないこともありましたので、休止しました。
数量に応じて割引があります。データ量、検体数、サンプルQCの状態、ご希望納期、代理店の有無によりお見積もりをお出しします。解析結果はHDD,USBメモリ等に入れて郵便で納品します。追加の費用は必要ありません。
解析オプション
・RNAの濃縮 （微量20ng程度のRNAシーケンスでもライブラリー調整は可能ですが、QC等実施できません）
・DNAase処理 （できるだけ抽出時点のオンカラム処理をお願いいたします）
・RNA抽出 応相談（抽出方法やサンプルにより異なります）
・rRNAの除去 1検体1万円＋税（対象となる生物種類により異なります、細菌の場合は必須です。）
・mRNAの精製 ご希望のキットによっては差額が必要になります。
・データ解析 1回の解析で3~50万円＋税(サンプル数・解析内容により対応します）
上記で使用して欲しいキット・手法があればご相談ください。 数量割引あります。
RNAseqに関するお見積もり依頼はRNAseq用フォームをご利用下さい。
RNAシーケンス・データ解析
研究の目的・内容に応じて解析を実施します。RNAseqに経験豊富なインフォマティシャンが親切・丁寧に対応します。
簡単なものから論文に使える図表まで、幅広くご要望に応じてサポートします。参考論文があればご提示ください。
基本的には2群比較となります。
下記に無い解析をご希望の場合は、参考論文とともにご連絡ください。対応できるか検討します。
モデル生物の場合は、事前に生物名をご連絡ください。
すでに取得済みのFastqのデータ解析もお任せください。
既存のデータベースから遠い生物種の場合は、アセンブルしてアノテーションを行い、定量していきます。
De novo RNA-seq（de novotranscriptome解析）もお気軽にご相談ください。
主に対応できるデータ解析(必要な解析をご相談ください）
・リードQC・クリーニング
・マッピング とリードカウント
・FPKM値/TPM値の算出
・相関分析
・主成分分析
・階層的クラスタリング
・ヒートマップ描画
・群間比較解析
－発現変動遺伝子解析（DEG）
－GeneOntology解析 （GO解析)
－パスウェイ解析
その他の解析（別途お見積もりとなります）
・GSEA解析・スプライシング解析
・融合遺伝子解析 ※事前にご相談ください。
・Transcript SNP解析
・De novo RNA-seq
解析の一例
発現変動transcriptsの可視化ヒートマップ
発現変動transcriptsのGOエンリッチメント
共発現transcriptsの可視化(発現ネットワーク図)
納期
Fatqまでの場合 2-3か月 ※お急ぎの場合は最短2週間で対応できます。（データ量・検体数に応じて別途お見積もり）
※検体数が少ない場合は、少しお待ちいただく可能性があります。お急ぎならご相談下さい。データ解析まで 2-4か月
注意事項
詳細はお問い合わせください。最善の方法をご提案いたします。
DNBSEQがはじめて不安の方はお気軽にご相談ください。試しにシーケンスすることもできます。
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